Hợp chất tự nhiên theo nghĩa rộng bao gồm tất cả các sản phẩm của cuộc sống, gồm vật liệu sinh học (ví dụ như gỗ, lụa, nhựa sinh học, bột bắp), chất dịch cơ thể (ví dụ như sữa, dịch tiết từ thực vật), và các vật liệu tự nhiên khác (ví dụ như đất, than đá). Theo nghĩa hẹp, hợp chất tự nhiên là một hợp chất hữu cơ được tổng hợp bởi một sinh vật sống.

Hợp chất tự nhiên có thể được phân loại theo chức năng sinh học, con đường sinh tổng hợp, hoặc theo nguồn gốc.